Bartosz Jakubczak ukończył z wyróżnieniem studia w Akademii Muzycznej im. F. Chopina w Warszawie w klasie organów prof. A. Chorosińskiego, a w 2003 roku studia podyplomowe (stypendium im. G. Soltiego) z najwyższym odznaczeniem w Royal Academy of Music w Londynie w klasie prof. D. Titteringtona. Jest laureatem wielu nagród przyznanych przez tę uczelnię, m. in. Peter le Huray, Whalley Organ Scholarship Award oraz nagrody specjalnej przyznanej przez wybitnego angielskiego organistę Petera Hurforda.
Uczestniczył w kursach mistrzowskich prowadzonych przez: M.-C.-Alain, J. D. Christie, U. Spang-Hanssena, K. Koito, S. Landale, J. Laukvika, L. Lohmanna, H. Vogla oraz W. Zerera. Wziął także udział The McGill Summer Organ Academy w Montrealu.
W 2002 roku otrzymał nagrodę Prix de la Presse podczas konkursu bachowskiego Grand Prix Bach de Lausanne w Szwajcarii. W tym samym roku wystąpił w Royal Festival Hall w Londynie, wykonując światową premierę zadedykowanego mu utworu na organy solo Salve Sancta Facies angielskiego kompozytora Davida Gortona. Był uczestnikiem wielu prestiżowych festiwali w Wielkiej Brytanii, m.in. The Spanish Baroque Music Festival, London Handel Festival, London Bach Festival, Dartington International Summer School, The Spitalfields Festival, London Organ Forum, International Organ Festival at St Albans, a także koncertów w Czechach, Francji, Grecji, Holandii, Irlandii, Niemczech, Polsce, Szwajcarii, Szwecji i Węgrzech.
W roku akademickim 2003/04 wykładał w Royal Academy of Music w Londynie w ramach Pidem Organ Fellowship. Bartosz Jakubczak jest regularnie zapraszany do prezentacji wykładów podczas ogólnopolskich sesji naukowych, m.in. w macierzystej uczelni, Akademii Muzycznej w Krakowie, Krzeszowie, Świętej Lipce. Obecnie pełni funkcję adiunkta w stopniu doktora w Katedrze Organów i Klawesynu Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina w Warszawie.
W najbliższym czasie Bartosz Jakubczak wystąpi z recitalami organowymi m.in. w katedrze w Annecy oraz Chamonix we Francji.